Dzimis 1859. gadā Valmieras apriņķa Mazsalacas pagastā.
1869. gadā vecāki pārcēlušies uz dzīvi Rīgā.
1869.-1875. mācījies R. Vaļļa pamatskolā.
Mācījies Rīgas Politehnikumā (1878.—1879. g. inženierzinātnes, 1880.—1885. g. arhitektūra).
Viens no pirmajiem uzņemtajiem latviešu studentu korporācijas Selonija biedriem.
1886. g. vadīja savu būvbiroju, taču pirms tam strādāja J. F. Baumaņa būvbirojā.
20. gs. sākumā nodibināja centrālapkures sistēmu montāžas firmu.
K.Pēkšēns bija viens no pirmajiem latviešu profesionālajiem arhitektiem.
1928.gada mira Kisingā, Vācijā. Apglabāts Rīgā, Meža kapos.…
