Add Papers Marked0
Paper checked off!

Marked works

Viewed0

Viewed works

Shopping Cart0
Paper added to shopping cart!

Shopping Cart

Register Now

internet library
Atlants.lv library
FAQ
5,49 € Add to cart
Add to Wish List
Want cheaper?
ID number:351333
 
Author:
Evaluation:
Published: 13.04.2006.
Language: Latvian
Level: College/University
Literature: 1 units
References: Not used
Table of contents
Nr. Chapter  Page.
  Ievads    5
1.  Literatūras apskats    6
1.1  Vēža veidošanās molekulārie mehānismi    6
1.2.  Ģenētiskās un epiģenētiskās izmaiņas    8
1.3.  Kas zināms par NUCB2?    9
2.  Materiāli un metodes    10
2.1.  Materiāli    10
2.1.1.  Reaktīvi    10
2.1.2.  Sintētiskie oligonukleotīdi    10
2.1.3.  Materiāli    10
2.1.4.  Audu paraugi    11
2.1.5.  Aparatūra    11
2.2.  Metodes    12
  Metožu secība    12
2.2.1.  DNS izdalīšana no audiem ar TRIzol reaģentu    12
2.2.2.  PCR (polymerase chain reaction) – polimerāzes ķēdes reakcija    13
2.2.3.  PCR produktu elektroforēze agarozes gelā    14
2.2.4  PCR produktu aptuvenā garuma un daudzuma noteikšana    15
2.2.5.  PCR produktu attīrīšana    15
2.2.7.  Sekvenču analīze    17
2.2.8.  DNS modificēšana ar Na- bisulfītu    18
  Daudzums    18
2.2.9.  Divpakāpju PCR    19
2.3.  Darba drošības tehnika    21
  Rezultāti un diskusija    22
3.1.  NUCB2 mRNS ekspresijas analīze un promotera rajona identificēšana ar 5` RLM-RACE    22
  mRNS ekspresijas salīdzināšana    22
  RLM-RACE analīze    22
3.2.  Identificētā NUCB2 promotera rajona DNS sekvences analīze    23
3.4  Metodes izstrādāšana CpG metilēšanas noteikšanai    25
  Ar Na- bisulfītu modificētas DNS sekvenēšanas reakcijas optimizēšana    26
  Secinājumi    27
  Pateicības    28
  Literatūras saraksts    29
  Pielikums    31
Extract

Analizējot ar SEREX (serological identification of tumour antigens by recombinant expression cloning) metodi kuņģa adenokarcenomas audus, NUCB2 tika identificēts kā potenciāls audzēja antigēns. Analizējot antigēnu molekulāri, tika noteikts, ka tā ekspresija audzēja audos 50% gadījumos ir pazemināta salīdzinājumā ar normāliem audiem. Lai noskaidrotu iespējamos cēloņus, tika meklētas somatiskās mutācijas NUCB2 promotera rajonā audzēju šūnās un analizēta šajā rajonā esošās CpG saliņas metilēšana.
Analizējot NUCB2 promotera rajona sekvences tika atrasti pieci viena nukleotīda polimorfismi (SNP), no kuriem četri SNP (1.SNP, 2.SNP, 3.SNP,5.SNP) tika atrasti UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu) datubāzē, bet viens ir iepriekš nedetektēts (4. SNP). Analizējot SNP atšķirības starp audzēja un normāliem audiem, atšķirības netika atrastas, kas liecina par to, ka šajā DNS rajonā audzēja audos nav somatiskas mutācijas. Salīdzinot pacientu un kontroles grupas paraugu sekvencēs atrastos polimorfismus, tika konstatēts, ka visi iepriekš zināmie polimorfismi ir sastopami gan vēža pacientiem, gan kontroles grupā, bet 4. SNP A alēle tika noteikta 2 no 8 vēža pacientiem, bet ne kontroles grupai. Taču, lai spriestu par šī polimorfisma saistību ar vēža veidošanos, ir jāizanalizē ievērojami lielāks pacientu skaits un jāveic funkcionālie pētījumi.
Otrs iespējamais mehānisms gēnu ekspresijas pazemināšanai ir DNS CpG saliņu metilēšana. Pašlaik ir iesākts darbs pie metodes izstrādāšanas, lai noteiktu DNS metilēšanu. Metodes pamatā ir genomiskās DNS modificēšana ar nātrija bisulfītu, analizējamā rajona amplifikācija ar PCR un modificētās DNS sekvenēšana.
Darbs tika izstrādāts 3. un 4. studiju semestra laikā, LU Biomedicīnas pētījumu un studiju centrā, Dr. biol. Aija Linē vadībā.

Šī darba rezultāti publicēti:
A. Line, Z. Slucka, K. Silina, J. Miltins, A. Stengrevics. Identification and characterisation of two novel gastric cancer-associated antigens – TACC1 and NUCB2. 1st European conference “Functional genomics and disease”, Prague, Czech Republic, May 14-17, 2003. PD3/153

Summary
Analysing the tissues of gastric cancer by SEREX (serological identification of tumour antigens by recombinant expression cloning) method, NUCB2 was identified as a potential tumour-associated antigen. By molecular analysis of the antigen it was established that its expression in tumour tissues is reduced in 50% cases in comparison with adjacent normal tissues. To find out the possible reasons, the search of somatic mutations in the NUCB2 promoter region of tumour cells was performed and the methylation of the CpG island located in the region was analysed.
Analysing the sequence of NUCB2 promoter region, five single nucleotide polymorphisms (SNP) were identified: four of them (1.SNP, 2.SNP, 3.SNP, and 5.SNP) were found in UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu) database, but one of them is previously undetected (4. SNP). Analysing the SNP differences between the tumour and normal tissues, no differences were found, and it evidences that in this DNS region of tumour tissues somatic mutations are absent. Comparing the polymorphisms found in the sequences of patient and control group specimens it was established that all the previously known polymorphisms were present both in cancer patients and in the control group, but 4. SNP A allele was identified in 2 out of 8 cancer patients and not in the control group. In order to assess the relation between the 4. SNP and the aetiology of cancer, a significantly larger number of patients should be analysed and also functional analysis should be carried out. …

Author's comment
Work pack:
GREAT DEAL buying in a pack your savings −4,48 €
Work pack Nr. 1196508
Load more similar papers

Atlants

Choose Authorization Method

Email & Password

Email & Password

Wrong e-mail adress or password!
Log In

Forgot your password?

Draugiem.pase
Facebook

Not registered yet?

Register and redeem free papers!

To receive free papers from Atlants.com it is necessary to register. It's quick and will only take a few seconds.

If you have already registered, simply to access the free content.

Cancel Register