Biosfēras rezervātā ietilpst 25 dabas liegumi-Augstroze, Burgas pļavas, Burtnieku ezera pļavas, Dūņezers, Dziļezers un Riebezers, Kalna purvs, Karateri, Kārķu purvs, Klagatu purvs, Limšānu purvs, Dzērves purvs, Maizezers, Mērnieku dumbrāji, Niedrāju–Pilkas purvs, Oleru purvs, Pirtsmeža purvs, Purgaiļu purvs, Randu pļavas, Rūjas paliene, Sedas purvs, Ungurpils meži, Vidusburtnieks, Vidzemes akmeņainā jūrmala, Vīķu purvs, Vitrupes ieleja, Ziemeļu purvi, Zilaiskalns un viens dabas parks- Salacas upes ieleja.
