Rūjas upe atrodas Ziemeļvidzemes biosfēras rezervāta teritorijā. Tās baseina teritorijā atrodas daudz mežu un purvu. Burtnieku līdzenumā atrodas zemie purvi. Piemēram, Rūjas purvs, Virķēnu tīrelis, kur kopš 1966. gada tika iegūta frēzkūdra, Lielais (Mujānu un Vikvēnu) purvs. Zemā purva kūdraugsnes kontūras var aizņemt pat vairāk nekā 1000 ha lielu platību. Lielais purvs ir putnu uzturēšanās un ligzdošanas vieta ar starptautisku nozīmi. Upes baseina teritorijā sastopamas ezeru kaijas, pelēkās dzērves, meža pīles, krauķi u.c. (Kavacs, 1998; Nikodemus, 2008;Ģeomorfoloģiskā karte, 2011; Augšņu karte, 2011; Dabas aizsardzības karte, 2011; Ezeru kaija, 1992; Pelēkā dzērve, Meža pīle, 1992; Gulbis, Krauķis, 1992)
Upes iztekas teritorijā aug egļu un egļu-sīklapju meži, tālāk tie mijas ar priežu-sīklapju mežiem, taču upei tuvojoties Burtnieku ezeram ainavu nomaina priežu-sīklapju meži (bērzi, apses) kopā ar platlapju koku sugām. (Kavacs, 1998; Mežu karte, 2011)
Upes kreisajā krastā atrodas zivju dīķi, un arī pati upe ir bagāta ar zivīm, tādēļ cilvēki upes baseina teritorijā, jau no seniem laikiem, galvenokārt nodarbojas ar zivsaimniecību. Vēl izplatīta ir arī ar piena lopkopība, graudaugu un kartupeļu audzēšana, pārtikas un meža rūpniecība - kokapstrāde. Mazāk izplatīta ir cūkkopība, mājputnu audzēšana un dārzeņu audzēšana. (Kavacs, 1998; Iekšzemes kopprodukts, 2011; Rūpniecība, 2011; Graudaugi, 2011; Liellopi, 2011; Kartupeļi, 2011; Cūkas, 2011; Dārzeņi,2011; Mājputni, 2011)
Gada vidējais nokrišņu daudzums Rūjas upes baseina teritorijā ir apmēram 700-750 mm. Mēneša vidējā temperatūra šajā teritorijā janvārī ir apmēram -6 ºC, taču jūlija vidējā temperatūra svārstās ap 16,5-17 ºC. (Nokrišņu daudzums gadā, 2009;Gaisa t° janvārī, 2009; Gaisa t° jūlijā, 2009)
…
