Kuģa hipotēka no citiem hipotēku veidiem atšķiras trīs veidos:
1. Attiecībā uz kuģi, dažiem privileģētiem prasījumiem, var būt augstāka vērtība nekā hipotēkai. Latvijā Jūras kodeksa 33.panta 1.daļa nosaka kādas prasības nodrošina jūras privilēģija, piemēram, prasības, kas saistītas ar maksājumiem par ostu, kanālu un citu ūdensceļu izmantošanu un loču pakalpojumiem. No tā izriet, ka, piemēram, piespiedu pārdošanas gadījumā, no sākuma tiks atlīdzināts parāds šo pakalpojumu sniedzējiem un tikai tad kuģu hipotēkas turētājiem un arī tikai tādā kārtībā, kādā pēc datuma reģistrētas viņu hipotēkas;
2. Kuģis dabīgi pārvietojas caur dažādām jurisdikcijām. Dažādās valstīs ir dažāda likumdošana, piemēram, tās pašas jūras privilēģijas citās valstīs var būt noteiktas savādākas, tā pat tas attiecas uz kuģu arestu.
3. Kuģim vienmēr ir risks jūrā tikt daļēji vai pilnībā bojātam. Par kuģa vadību ir atbildīgs kapteinis un apkalpe, tomēr jūrā var gadīties nepārvarami spēki, kas var bojāt kuģi, tā pat bieži nelaimes gadījumi var gadīties arī ieejot ostas akvatorijā, it sevišķi veicot manevrus, lai pietauvotos. Saskaņā ar JK kuģa īpašnieks ir atbildīgs par zaudējumiem, kas radušies viņa dienestā esošā kapteiņa, apkalpes, loča un citu personu vainas dēļ, tām veicot savus darba pienākumus saistībā ar attiecīgo kuģi. Pret šiem nelaimes gadījumiem noderīgs nodrošinājums ir paša kuģa apdrošināšana, kā arī kuģa īpašnieka civiltiesiskās atbildības apdrošināšana, kas ļaus saņemt kompensāciju un palīdzēs norēķināties ar kreditoriem.
Pirms reģistrēt kuģu hipotēku, nepieciešams, lai jau pirms tam īpašuma tiesības uz kuģi vai tā daļu būtu reģistrētas kuģu reģistrā. Ja kuģis vai tā daļa ir reģistrēta, tad šo kuģi vai tā daļu var izmantot kā prasījuma nodrošinājumu, par to noformējot kuģa obligāciju. Kuģa vai tā daļas obligācija kļūst par kuģa hipotēku un stājas spēkā ar brīdi, kad tā reģistrēta Kuģu reģistra apgrūtinājumu reģistrācijas grāmatā. Kuģa obligācijā iekļauj ziņas par kuģa kreditoru un nodrošinātā prasījuma apmēru – JK 30.panta 1.daļa.
